三方协议的附加协议是否可以作为合同的附件？

三方协议以及三方协议签订的时间都是2009年5月22日。当时公司说想签三方协议的话，必须签订三方协议附加协议。所以签了。《劳动合同》签订的时间是2009年7月1日。三方协议的有效日期是：《劳动合同》签订的一刻。我个人认为三方协议的附加协议的有效期应该是由三方协议决定的。但是三方协议附加协议上面有这样的两条：第六条：乙方（我）拿到毕业证后即与甲方签订《劳动合同》（合同期限为3年，合同期满经双方同意可续签合同），试用期3个月。若因乙方愿因而导致合同终止的，乙方须赔偿甲方因招聘乙方所发生的费用和培训费用3000元/人。（具体赔偿标准依据乙方在甲方公司实际工作年限进行折算）。第七条：甲、乙双方同意将本协议作为《劳动合同》的附件，共同遵守。 我现在要离职，并且提前一个月给经理发了邮件，并做好了一切交接工作。公司还是要我赔钱。。。我对费用提出质疑。公司说我是从学校招聘会招回来的应届生，所以要赔偿招聘费。至于培训费，公司没有出示任何的证据，而事实上我没有签过任何的培训协议，也没有接受过专项的培训。 我现在已经离职了，我该怎么办？公司的做法合法吗？